Mija pięć lat pracy naszego Gimnazjum warto przybliżyć krótką, ale dość bogatą historię. Powstało ono skutkiem reformy oświatowej, uchwałą Rady Gminy w Boćkach 1 września 1999 r. Siedzibą Gimnazjum został nowy budynek szkoły podstawowej - parter. Budowę tego pięknego obiektu rozpoczęto w 1991 r. społecznie na dawnych gruntach parafii rzymskokatolickiej.
Poświęcenia nowego budynku dokonał bp Antoni Dydycz. Kamień węgielny przywiózł z Ziemi Świętej ówczesny proboszcz, ks. Kazimierz Siekierko a poświęcił go ks. inf. Eugeniusz Borowski.
Pierwszym dyrektorem Gimnazjum i Szkoły Podstawowej w Boćkach została Krystyna Ulikowska.
Rada Pedagogiczna opracowała ambitny plan wychowawczy, w którym pracę gimnazjum oparła na wartościach chrześcijańskich, takich jak: dobro, piękno, prawda, poszanowanie godności ludzkiej i życia, tolerancja. Cała społeczność szkolna obrała za patrona Ojca Świętego Jana Pawła II. Rada Pedagogiczna i Dyrektor ufundowali popiersie Jana Pawła II i tablicę pamiątkową z brązu. Konkursowo wybrano symbole szkoły: sztandar, logo, hymn.
Tablicę zaprojektował Kordian Michalski, a wykonał Grzegorz Dolida z Białegostoku. Sztandar wyhaftowała Agnieszka Krasowska i Katarzyna Lisowska z Supraśla, z godłem Polski, na drugiej stronie z podobizną Ojca Świętego. Fundatorami byli: rodzice, Społeczny Komitet Budowy Szkoły, wójt Stanisław Derehajło, Bank Spółdzielczy w Brańsku i Bank Gospodarki Żywnościowej w Bielsku Podlaskim.
Słowa hymnu Zamyślony nad losami świata ułożyli Leon Sęk i Andrzej Zaniewski, a muzykę napisał Andrzej Rutkowski z Warszawy.
Ks. Krzysztof Napiórkowski przywiózł z Rzymu błogosławieństwo Ojca Świętego dla społeczności obu szkół.
Na dzień nadania Gimnazjum imienia Jana Pawła II wybrano 16 października 2000 r. - 22. rocznicę wyboru na Stolicę Piotrową. Uroczystość zgromadziła wielu przedstawicieli władz duchownych, państwowych, gminnych, nauczycieli, młodzież, dziatwę, rodziców. Mszy św. przewodniczył bp Antoni Dydycz, który też dokonał poświęcenia sztandaru gimnazjum i tablicy pamiątkowej z napisem: „Nie można bowiem dobrze służyć narodowi, nie znając jego dziejów, tradycji i kultury” (Jan Paweł II).
Przewodniczący Rady Gminy w Boćkach odczytał uchwałę o nadaniu szkole imienia Jana Pawła II. Rodzice przekazali sztandar na ręce Dyrektor Gimnazjum Jana Pawła II w Boćkach. Uczniowie złożyli ślubowanie na sztandar słowami: „Ślubujemy Tobie, Ojczyzno, sztandaru Twego strzec, bronić Twych granic i honoru. Pomnażać dobro narodowe i ogólnoludzkie w imię miłości człowieka, uczciwą nauką i pracą służyć prawdzie, sprawiedliwości, pięknu, dobru i pokojowi, wyrabiać w sobie silną wolę, koleżeństwo, uczynność, dobroć, odwagę, prawdomówność, odpowiedzialność, dbać o honor naszego Gimnazjum i uczniów z młodzieżowym zapałem i wiarą wytrwale pod tym sztandarem jednoczyć wysiłki dla dobra szkoły, miejscowości i Ojczyzny. Tak mi dopomóż Bóg”.
Ksiądz Biskup odczytał tekst błogosławieństwa Ojca Świętego. Uczniowie Gimnazjum zaprezentowali sylwetkę Jana Pawła II w pięknym przedstawieniu, które społeczność boćkowska w trzy lata później 19 października 2003 r. oglądała w GOK-u oraz w różnych terminach przedstawiano poza Boćkami.
Gimnazjum nasze wpisało się w historię i poczet Ogólnopolskiej Rodziny Szkół im. Jana Pawła II. Szkół o takim imieniu w Polsce jest około 200. Logo zaprojektowane przez uczennicę Wioletę Nikitiuk w konkursie na forum Ogólnopolskiej Rodziny Szkół uznano za najciekawsze i przyznano I miejsce w Wadowicach 18 maja 2002 r.
16 października ustalono jako Dzień Patrona. Z okazji świąt i imienin wysyłamy życzenia Papieżowi. Gimnazjum otrzymywało również od Ojca Świętego podziękowanie i życzenia. 6 najzdolniejszych uczennic naszego Gimnazjum za naukę otrzymywało co miesiąc stypendium z Fundacji „Dzieło Nowego Tysiąclecia”. Pierwsi uczniowie kl. III naszego Gimnazjum dobrze napisali końcowy egzamin z wiedzy humanistycznej i matematyczno-przyrodniczej.
Obecnie wszyscy absolwenci uczą się w szkołach ponadgimnazjalnych. Pracę szkoły dobrze oceniły władze oświatowe. Uczniowie rozwijają swoje zdolności w chórze, sporcie, internecie, uczą się języków obcych. Aktywnie uczestniczą w życiu szkoły, osiągają wysokie lokaty w sporcie i konkursach. Działalność ich zauważalna jest poza szkołą, np. w GOK-u.
Obecnie Gimnazjum Jana Pawła II jest w Zespole Szkół w Boćkach i zachowało imię swego Patrona.