Uroczystość konsekracji to poświęcenie, czyli oddanie na wyłączną służbę Bogu kościoła wybudowanego ku Jego chwale i pożytkowi wiernych. Przez ten uroczysty obrzęd świątynia staje się domem samego Boga, przedsionkiem nieba, Namiotem Spotkania, w którym możemy jednoczyć się ze Stwórcą nieba i ziemi przez modlitwy, słuchanie Słowa Bożego, sprawowanie sakramentów, a spośród nich najważniejszego, Najdoskonalszej Ofiary Jezusa Chrystusa - Eucharystii.
Już od czasu wybudowania pierwszej świątyni poświęconej Bogu za czasów króla Salomona, tj. od 687 r. przed Chr., poświęcenie świątyni ma niezwykle uroczysty charakter. Zgodnie z obowiązującymi obrzędami do elementów liturgii poświęcenia zaliczamy: modlitwę poświęcenia, namaszczenie mensy ołtarzowej i 12 wybranych miejsc na ścianach świątyni (tzw. zacheuszek) olejem Krzyżma św., okadzenie ołtarza i ścian kościoła oraz liturgię światła. Wszystkie te elementy w swojej bogatej symbolice wyrażają prawdę o Kościele św., który nieustannie pielgrzymuje do Niebieskiego Jeruzalem. Sprawiają one, że uczestnicy liturgii przeżywają prawdziwe misterium - tajemnicę, której nie da się wyrazić słowami.
Konsekratorem kościoła i przewodniczącym liturgii był biskup toruński Andrzej Suski. Wraz z nim Eucharystię sprawowali: abp Marian Przykucki - ostatni biskup diecezji chełmińskiej, bp Józef Szamocki - biskup pomocniczy toruński oraz 15 zaproszonych kapłanów. Liturgia zgromadziła wielu przedstawicieli duchowieństwa diecezji toruńskiej, pelplińskiej oraz archidiecezji gdańskiej, kleryków z WSD w Toruniu, siostry zakonne oraz wielu czcicieli Miłosierdzia Bożego i parafian, którzy przez lata budowali dom swojej modlitwy. Uroczystość uświetnił chór „Tibi Domine” Wydziału Teologicznego UMK pod kierunkiem ks. Mariusza Klimka.
Homilia Księdza Biskupa była katechezą poświęconą ołtarzowi, który „będąc stołem wieczernikowym, jednoczy nas w jednej rodzinie dzieci Bożych. (...) Ołtarz jest bowiem dla nas znakiem Chrystusa - Ofiary i Chrystusa Zmartwychwstałego. Pięć krzyżyków na mensie ołtarzowej przypomina nam jaśniejące rany krzyżowe. Biały obrus to jakby płótno spowijające ciało Chrystusa. Świece mówią nam już o zwycięstwie życia nad śmiercią”. Jak bardzo potrzebowaliśmy tych słów, my, kapłani i wszyscy, którzy codziennie otaczamy ołtarz w naszej świątyni. Cała ceremonia pozwoliła nam na nowo wejść w głąb wielkiej tajemnicy obecności Chrystusa w świątyni. Każdy symbol uwypuklony w poświęceniu kościoła stał się na nowo refleksją nad tym, w czym każdego dnia uczestniczymy.
Składamy gorące „Bóg zapłać” wszystkim, którzy przez swoją obecność, modlitwę i duchową łączność brali udział w tym najważniejszym dla naszej wspólnoty dniu. Tylko dzięki tym osobom ten dzień, który dał nam Pan, mógł być godnie przeżyty dla naszego duchowego wzrostu i większej chwały Bożej.
Budowa świątyni to wielkie wyzwanie i ogromny trud. Dlatego w tym miejscu pragnę serdecznie podziękować w imieniu proboszcza ks. prał. Stanisława Majewskiego wszystkim, którzy nie szczędzili czasu, trudu, modlitwy i cierpienia oraz ofiar materialnych, aby doprowadzić do tej uroczystości. Jednak świątynia z cegły, choćby najpiękniejsza - nie jest jeszcze Kościołem. Dlatego dziękujemy tym wszystkim, którzy ten Kościół tworzą. Wszystkim parafianom, dobroczyńcom, budowniczym, architektom, majstrom oraz tym wszystkim, którzy na co dzień tworzą żywą budowlę Kościoła. Bo przecież tak doniosła uroczystość, jaką jest dedykacja kościoła, to nie koniec - ale początek pracy. Pracy nad tym, byśmy wspólnym wysiłkiem stworzyli prawdziwą parafię, opartą na wzajemnej miłości i służbie. Trzeba jeszcze wielu lat i duchowego wysiłku, by na Kozackich Górach, Koniuchach powstał prawdziwy Kościół - wspólnota wspólnot, mówiąca jednym głosem, mająca jedno pragnienie - świętość i zamieszkanie na wieki w najdoskonalszej świątyni - Niebieskim Jeruzalem. I choć wspólnie nieustannie śpiewamy Te Deum laudamus za dar naszego kościoła, to równocześnie modlimy się: „Niech oczy Twoje we dnie i w nocy spoglądają na tę świątynię, na miejsce, o którym mówiłeś: [...] Tam będzie imię moje. Wysłuchaj modlitwy, którą na tym właśnie miejscu zanosi Twój sługa. [...]Ty wysłuchaj z miejsca, na którym przebywasz - z nieba. Wysłuchaj i udziel przebaczenia! (por. 1 Krl 8, 29-30).