Henryk Samsonowicz urodził się 23 stycznia 1930 roku w warszawskiej rodzinie o szlacheckich korzeniach, pieczętującej się herbem Samson. Jego ojcem był Jan Samsonowicz, odkrywca neolitycznych kopalni krzemienia w Krzemionkach Opatowskich oraz lubelskiego zagłębia węglowego, uczestnik wojny z bolszewikami. Matka, Henryka z Korwin Krukowskich, była absolwentką Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego Uniwersytetu Petersburskiego, nauczycielką chemii i geografii w prestiżowym warszawskim Liceum im. Juliusza Słowackiego. Jego starszy o osiem lat brat Andrzej Samsonowicz był żołnierzem Grup Szturmowych Szarych Szeregów. W Batalionie „Zośka” pod pseudonimem Książę walczył w Powstaniu Warszawskim. Zginął w nocy z 14 na 15 września na Czerniakowie.

Henryk Samsonowicz studiował na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Warszawskiego, na którym w 1950 r. uzyskał tytuł magistra. Jego wykładowcami byli najważniejsi wychowawcy powojennego pokolenia historyków, m.in. Aleksander Gieysztor, Witold Kula, Tadeusz Manteuffel czy Stanisław Herbst. Po zakończeniu studiów rozpoczął współpracę ze stołeczną uczelnią jako asystent, kontynuując równocześnie pracę naukową. W roku 1954 obronił pracę doktorską na Wydziale Historycznym, gdzie w 1960 r. uzyskał także habilitację.

Od roku 1967 pełnił funkcję prodziekana Wydziału Historycznego, a w latach 1970–73 był jego dziekanem. W czasie wydarzeń marcowych w 1968 r. jako członek Wyższej Komisji Dyscyplinarnej przy ministrze oświaty i szkolnictwa wyższego jedyny głosował przeciw zwolnieniu z pracy gdańskiego prof. Damazego Tilgnera z Politechniki Gdańskiej.

W 1971 r. otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, a 10 lat później został profesorem zwyczajnym nauk humanistycznych. W okresie 1975–80 piastował stanowisko dyrektora Instytutu Historycznego Uniwersytetu Warszawskiego. W latach siedemdziesiątych często pełnił rolę eksperta historycznego w teleturnieju „Wielka Gra”. W roku 1975 był inicjatorem pierwszej olimpiady historycznej, która do dziś jest najważniejszym konkursem wiedzy historycznej dla młodzieży licealnej. Na przełomie lat siedemdziesiątych i osiemdziesiątych działał w zainicjowanej przez siebie Komisji Mediewistycznej Polskiego Towarzystwa Historycznego.

Uczestnicy wykładów i ćwiczeń uznawali prof. Samsonowicza za niezrównany autorytet i doskonałego popularyzatora historii. Prof. Michał Kopczyński z Instytutu Historii UW, który uczęszczał na seminaria profesora w 1983 r., tuż po zniesieniu stanu wojennego, wspominał: „Opowiadał nam o dziejach średniowiecznych Włoch, o Wenecji, freskach bizantyjskich”. „Kiedy mówił, że gdy będziemy w Wenecji, nie możemy ominąć Rawenny, na sali wybuchał śmiech. Dla nas była to wtedy abstrakcja, która jednak za kilka lat stała się rzeczywistością. To, czego się dowiedziałem w czasie studiów, doceniłem po latach jako historyk” - wspominał Kopczyński.

Mediewiści podkreślali jego umiejętność głębokiej analizy źródeł. „Prace naukowe prof. Samsonowicza są bardzo istotne dla historii późnego średniowiecza na Mazowszu. Pokazuje w nich chociażby małe, średniowieczne miasteczka, relacje między miastami i wsiami. Wiedza, którą ma prof. Samsonowicz, jest owocem ciężkiej i wieloletniej pracy w archiwach” – mówił prof. Marek Barański z UW i UKSW. Dodał, że wykłady i prace badacza były inspiracją do podejmowania własnych prac: „Prof. Samsonowicz zachęcił do poważnego uprawiania historii. Jego sposób prowadzenia wykładów był i jest nietuzinkową zdolnością, której nie da się nauczyć, po prostu trzeba ją mieć” - powiedział.

W 1980 r. prof. Henryk Samsonowicz zaangażował się w działalność NSZZ „Solidarność”. Nowa atmosfera polityczna i powszechny szacunek, którym był darzony, doprowadziły do jego wyboru na stanowisko rektora Uniwersytetu Warszawskiego. Władze komunistyczne zaakceptowały decyzję społeczności uniwersyteckiej. Prof. Samsonowicz został zmuszony do ustąpienia ze stanowiska w kwietniu 1982 r. W tym czasie na znak protestu wystąpił również z PZPR. Wbrew woli pracowników i studentów jego następcą został nominowany przez reżim komunistyczny prof. Kazimierz Albin Dobrowolski.

Uczestniczył w obradach okrągłego stołu. „Nie miałem i nie mam najmniejszych wątpliwości, że to był przełom w dziejach Polski. Wyniki wyborów [4 czerwca 1989 – przyp. red.] przekroczyły moje najśmielsze nadzieje. Ich skutki również. (…) Było to przeżycie wyjątkowe. Pokazało, jak niewydolny jest system i jak jest on odrzucony przez społeczeństwo. Stało się jasne, że sukces opozycji musi zmienić stosunki społeczne, polityczne i miejsce Polski na mapie Europy i świata” – tak prof. Samsonowicz wspominał tamten okres w jednym z wywiadów. Jak wówczas podkreślił, jego zdaniem wybory 4 czerwca zapoczątkowały nową erę i dały asumpt do innych podobnych działań, takich jak upadek muru berlińskiego, wydarzenia w Czechosłowacji, na Węgrzech, w Rumunii czy nawet upadek Związku Sowieckiego.

Po częściowo wolnych wyborach parlamentarnych 4 czerwca 1989 r. i utworzeniu przez Tadeusza Mazowieckiego pierwszego niekomunistycznego rządu prof. Samsonowicz objął w nim tekę ministra edukacji narodowej - stanowisko piastował do początku roku 1991. Podczas jego urzędowania w 1990 r. zostały wprowadzone do szkół zajęcia z religii. Programy nauczania zostały w tym czasie oczyszczone z wielu wątków ideologicznych narzuconych przez władze komunistyczne.

Prof. Samsonowicz był członkiem wielu prestiżowych instytucji naukowych i gremiów, m.in. Polskiej Akademii Umiejętności, Polskiej Akademii Nauk, Polskiego Towarzystwa Historycznego, Rady Muzeum Historii Żydów Polskich, jury Nagrody Naukowej Klio i Nagrody PAP im. Ryszarda Kapuścińskiego. Otrzymał także kilka doktoratów honoris causa, francuską Legię Honorową i Order Orła Białego. W Radzie Muzeum Historii Polski pełni funkcję jej wiceprzewodniczącego. W osiemdziesiąte urodziny prof. Samsonowicza jego uczniowie związani z Instytutem Historycznym UW opublikowali poświęconą mu księgę pamiątkową „Świat średniowiecza”. Zawarte w niej teksty odwołują się do głównych obszarów zainteresowań badacza – od historii gospodarczej i społecznej, przez dzieje kultury, aż do kontaktów cywilizacji europejskiego średniowiecza z innymi kulturami.

W swoich badaniach skupiał się na średniowiecznych dziejach Polski, ale ukazywał je w kontekście historii Europy Środkowo-Wschodniej. Jest autorem ok. 800 prac naukowych, w tym 16 książek i podręczników uniwersyteckich, kilkuset artykułów i ponad 200 recenzji. Publikował też w czasopismach popularnonaukowych, m.in. „Mówią wieki”. Jego najbardziej znane prace to „Późne średniowiecze miast nadbałtyckich. Studia z dziejów Hanzy nad Bałtykiem w XIV–XV w.” (1968), „Miejsce Polski w Europie” (1995), „Tysiącletnie dzieje” (wspólnie z Januszem Tazbirem) (1997) czy „Historia Polski do roku 1795” (2000), „Ziemie polskie w X wieku i ich znaczenie w kształtowaniu się nowej mapy Europy” (2000). Publikacje prof. Samsonowicza cieszyły się zainteresowaniem wydawnictw w Wielkiej Brytanii, Niemczech, we Francji, w Rosji, na Słowacji, Węgrzech i we Włoszech.

W 1971 r. ukazała się jego najsłynniejsza książka - w „Złotej jesieni polskiego średniowiecza” odmalował szeroką panoramę polskiego życia politycznego i społecznego okresu między schyłkiem panowania Piastów a powstaniem Rzeczypospolitej Obojga Narodów. „Pragnąłbym, aby zawarta w tytule złota jesień – tak piękna w naszym kraju – przywodziła na myśl różnorodność barw, obfitość zbiorów, by kojarzyła się też z początkiem roku szkolnego, a więc z nowymi perspektywami i nowymi formami pracy. Schyłek średniowiecza wydaje mi się dla Polski szczególnie korzystny, toteż chciałem ukazać polską specyfikę tamtych czasów” – pisał we wstępie do pierwszego wydania.

W swoich rozważaniach wielokrotnie wyjaśniał znaczenie średniowiecza dla kształtowania się współczesnej nam Europy. Zdaniem prof. Samsonowicza dorobek tej epoki sprawia, że ziemie polskie nie powinny być zaliczane do obszarów peryferyjnych, ale do centrum cywilizacji europejskiej. Podczas inauguracji obchodów sześćsetlecia zwycięstwa wojsk polsko-litewskich pod Grunwaldem powiedział: „Jeśli mamy mówić tutaj o roli, jaką nasz kraj odegrał w całej historii powszechnej, to oczywiście musimy sięgnąć do przeszłości dalekiej, mitycznej, wspomnieć o znaczeniu Polski w wieku X, ale także musimy wybiec daleko w przyszłość, po roku 1410 – przypomnieć bitwę wiedeńską, walkę o naszą i waszą wolność, +Solidarność+, która obaliła żelazną kurtynę. Wciąż jednak, spoglądając na historię państwa polskiego z tej szczególnej perspektywy, jaką jest znaczenie naszego kraju na arenie międzynarodowej, zwycięstwo grunwaldzkie zdaje się stanowić moment przełomowy. To właśnie owo pierwsze w dziejach tak spektakularne pokonanie zakonu krzyżackiego wprowadziło Polaków do grona najważniejszych, najbardziej wpływowych nacji kontynentu europejskiego”.