Cudowny Krucyfiks, nazywany Krucyfiksem Baryczków, jest najcenniejszym zabytkiem rzeźby późnośredniowiecznej w Warszawie i jak każde wybitne dzieło sztuki sakralnej - wytwarza wokół siebie atmosferę mistycyzmu.
Rzeźba „Chrystusa Baryczków” emanuje wzmożoną ekspresją późnego średniowiecza. Przedstawia typ Christo Morto - Chrystusa umarłego po wielkiej męce. Głowa opuszczona, w ciężkiej koronie z cierni, oczy i policzki zapadnięte, nos wydłużony, bolesny wyraz wokół uchylonych ust. Snycerz w charakterystyczny dla siebie sposób uwypukla budowę kostną przedstawianej postaci: tak, jak - niezwykle twardo - zarysowuje się ona u zmarłych, tak wyglądają zwłoki po męce.
Twórca rzeźby w dosadny sposób starał się ukazać skutki doświadczania ludzkiego bytowania przez Boga-Człowieka, a Oblicze Chrystusa z Cudownego Krucyfiksu zawarło w sobie sumę oblicz wielu zmarłych; może wszystkich?
- To tajemnica kunsztu średniowiecznego snycerza, który tę rzeźbę przed wiekami wykonał.
Krucyfiks został sprawdzony do Warszawy w początkach XVI wieku, prawdopodobnie z Norymbergi lub Wrocławia. Zajmujący się tą rzeźbą historyk sztuki Tadeusz Dobrzeniecki, porównując rzeźbę Cudownego Chrystusa z krucyfiksem znajdującym się niegdyś we wrocławskim kościele Najświętszej Maryi Panny „na Piasku”, dostrzegł w nich wiele podobieństw - zarówno do układu korpusu i pochylenia głowy, ekspresji syntetycznego sposobu potraktowania rysów twarzy, jak i opracowania szczegółów całego ciała. Na tej podstawie przypisał autorstwo obu dzieł temu samemu anonimowemu autorowi śląskiemu, datując je na początek XVI wieku.
Impulsem dla wybrania krucyfiksu właśnie z Wrocławia mogło być uprzednie sprowadzenie stamtąd do ówczesnej fary św. Jana Chrzciciela rzeźbionego późnogotyckiego tryptyku z ok. 1510 r. (zob. w podwarszawskim Cegłowie), jako ołtarza głównego.
Natomiast legenda łączy Cudowny Krucyfiks z osobą rajcy miejskiego Jerzego Baryczki. Jeżdżąc w latach 1506-28 w interesach m.in. do Norymbergi (szlakiem przez Wrocław), miał tam ocalić od zniszczenia to wybitne dzieło sztuki i przywieźć je do warszawskiej fary.
Cudowny Krucyfiks, w miarę narastania jego kultu, doznawał kolejnych peregrynacji w obrębie farnego wówczas kościoła, będącego z czasem również królewską kolegiatą - pierwotnie zawisł na bocznej ścianie nawy północnej, skąd - ocalały z katastrofy budowlanej, przeniesiony został później w 1639 r. do ołtarza bocznego (fundowanego przez Baryczków), by ostatecznie, po 1716 r. znaleźć odpowiadające mu rangą miejsce w ołtarzu kaplicy obok prezbiterium, ufundowanej w 1708 r. specjalnie dla Cudownego Krucyfiksu przez Stanisława Kleinpoldta-Małopolskiego.
Podczas walk Powstania Warszawskiego 1944 r. katedra została niemal doszczętnie barbarzyńsko zburzona przez hitlerowców - ocalał jedynie fragment kościoła z kaplicą Cudownego Pana Jezusa - i krucyfiks raz jeszcze ocalał, wyniesiony z pożogi i ukryty przed zniszczeniem.
Dopiero w 1948 r., w Niedzielę Palmową, w ogromnej procesji prowadzonej przez ówczesnego prymasa Polski kard. Augusta Hlonda (1881-1948), Cudowny Chrystus wrócił na dawne miejsce, do ruin katedry, a potem do swojej kaplicy. Tam też, u Jego stóp, przechowywany jest Najświętszy Sakrament, a przed Nim płonie wieczna lampa.
Chrystus z „warszawskiej fary” wyzwala autentyczne przeżycia religijne i szczerą modlitwę ludzi, którzy go poznali teraz i ongiś; dla Niego ludzie ryzykowali życie, On ocalał cudownie dla ludzi, na otuchę.
Jan Paweł II w czerwcu 1979 r. rozpoczął swoją pielgrzymkę w Polsce w katedrze św. Jana Chrzciciela, u stóp Cudownego Pana Jezusa. Także Benedykt XVI w maju 2006 r. rozpoczął swoją pielgrzymkę po Polsce w katedrze warszawskiej u stóp tego Cudownego Krucyfiksu.